조직내에서 바이러스의 유전자를 신속하게 확인하여 HE염색결과의 확인 수단으로 이용한다. 포르말린으로 고정하고 파라핀에 포매한 조직을 5㎛로 잘라 "superFrost/plus" slides(Fisher Scientific, USA)에 붙이고 실온에서 저장한다. 전처리과정을 거쳐 denaturebiotin labeled probe(50)를 조직 절편 위에 놓고 in situ hybridizaton 동안 probe의 손실을 막기 위해 Easiseal(Hybaid, UK)로 봉한다. Biotin-labeling1 DNA가 들어있는 Recation mixtureBiontin-chem-link kit(Boehringer Mannheim, Germany)을 사용하여 실시한다. 조직 절편에서 target DNAdenature하기 위해 각각의 slide95℃에서 5분간 가열하고 in situ PCR machine (Touchdown, Hybaid, UK)으로 45℃에서 하루동안 hybridization한다. 다음날 slide를 실온에서 5분간 4× SCC2, 37℃에서 10분간 2× SCC2, 실온에서 5분간 2× SSC 0.2 SSC2회 연속적으로 철저히 세척한다. SignalABC kit(Vectastatin. USA) DAB kit(Vector Laboratories. USA)detection한다.  Baculovirus에 자연감염 및 실험감염된 새우로부터 얻은 조직 절편은 In situ hybridization에서 biotin-labeled probe에 반응한다. Positive signallymphoid organ, foregut, 상피 및 아가미 등 감염새우의 mesoderm 또는 ectoderm에서 유래한 여러 조직의 핵에서 detection 된다. Foregut의 안쪽과 함께 상피의 대부분의 핵에서 강한 positive signal이 관찰되지만 Hematopoietic cell과 간질세포에서는 약간의 positive signal 만이 보인다. 아가미와 표피의 상피에서도 약간의 positive sigmal이 보인다.